Se a outra ponta fala em RFC 4648 sem qualificar, é o alfabeto A-Z2-7 com padding. Use base32hex quando a ordem alfabética do texto codificado precisar acompanhar a ordem numérica dos dados, que é o caso do NSEC3 em DNSSEC. Use Crockford quando o código vai ser lido e digitado por pessoas e você quer detectar erro na hora, com o dígito de verificação. Use z-base-32 quando o valor vai ser ditado em voz alta. Escolher errado não corrompe nada, mas a outra ponta não vai conseguir decodificar.