Sempre em WebM. O navegador grava nativamente nesse formato através do MediaRecorder, gerar MP4 exigiria converter o vídeo depois, um processo pesado que ou trava a aba (numa versão sem isolamento de origem) ou exige recursos que comprometeriam o carregamento do resto do site. WebM é aberto, tem excelente qualidade com o codec VP9 e é reproduzido nativamente por praticamente todo navegador e player moderno, incluindo o VLC.