Depois da simulação, vermelho e verde continuam sendo cores diferentes?
Tecnicamente sim, como no exemplo #5F537D contra #AFBC44 sob deuteranopia, as duas continuam sendo hexadecimais diferentes. O problema não é confundir um botão com o outro, é que nenhuma das duas cores simuladas carrega mais o significado "sucesso" ou "erro" que a cor original carregava por convenção.
Por que não basta trocar por um par de vermelho e verde "mais seguro"?
Porque numa dicromacia real o cone correspondente, L na protanopia, M na deuteranopia, está completamente ausente, não só deslocado, então nenhum par específico de vermelho e verde escapa da simulação. A exigência do WCAG 1.4.1 é justamente não depender só do matiz, não achar o par "certo" de cores.
Um ícone dentro do botão já resolve, mesmo sem mudar a cor?
Sim, desde que o ícone tenha contraste de forma suficiente contra o fundo do botão independente do matiz, um contorno de check contra um de X, por exemplo. Reconhecimento de forma não depende de nenhum tipo de cone, então funciona igual nas três condições simuladas.
Esse teste substitui a verificação de contraste mínimo do WCAG?
Não. Distinguibilidade sob simulação de daltonismo e taxa de contraste mínimo (WCAG 1.4.3 para texto, 1.4.11 para elementos gráficos) são duas verificações separadas: um botão pode passar numa e falhar na outra, então as duas precisam ser conferidas de forma independente.